กทพ. ตระหนักถึงความสำคัญของการดำเนินงานด้านสิ่งแวดล้อม จึงได้นำทางพิเศษฉลองรัช ทางพิเศษสายบางนา-อาจณรงค์ และทางพิเศษบูรพาวิถี เข้าสู่มาตรฐานระบบการจัดการสิ่งแวดล้อม ISO 14001 ซึ่งการดำเนินงานดังกล่าวจะก่อให้เกิดประโยชน์ต่อหน่วยงานในการควบคุมและแก้ไขปัญหาสิ่งแวดล้อม มีการใช้ทรัพยากรอย่างคุ้มค่า มีการป้องกันและแก้ไขปัญหาอุบัติภัยอย่างมีประสิทธิภาพ และเสริมสร้างภาพลักษณ์ที่ดีให้กับ กทพ.

กทพ. ได้รับการรับรองระบบการจัดการสิ่งแวดล้อม ISO 14001 : 1996 ของทางพิเศษฉลองรัช ตั้งแต่วันที่ ๘ มีนาคม ๒๕๔๓ จากนั้นได้นำทางพิเศษสายบางนา-อาจณรงค์ เข้าระบบฯ และได้รับการรับรองระบบการจัดการสิ่งแวดล้อม ISO 14001 : 2004 ของทางพิเศษฉลองรัชและทางพิเศษสายบางนา-อาจณรงค์ เมื่อวันที่ ๒๘ มิถุนายน ๒๕๕๑ ต่อมาในปี ๒๕๕๙ กทพ. ได้ขยายขอบข่ายของระบบฯ โดยนำทางพิเศษบูรพาวิถีเข้าสู่ระบบฯ และได้รับการรับรองระบบการจัดการสิ่งแวดล้อม ISO 14001 : 2015 ของทางพิเศษฉลองรัช ทางพิเศษสายบางนา-อาจณรงค์ และทางพิเศษบูรพาวิถี รวมระยะทางทั้งสิ้น ๘๗.๙ กิโลเมตร เมื่อวันที่ ๒๘ มิถุนายน ๒๕๖๐ และยังคงได้รับการรับรองระบบการจัดการสิ่งแวดล้อม ISO 14001 : 2015 อย่างต่อเนื่องจนถึงปัจจุบัน